Ο τομέας του Αρχαίου και Βυζαντινού Κόσμου ασχολείται με την ιστορία και τον πολιτισμό. Η Αρχαία Ιστορία ασχολείται με ένα ευρύ φάσμα θεματικών που αφορούν στην οικονομική, κοινωνική, πολιτική και πολιτισμική ιστορία της Μεσογείου και της Εγγύς Ανατολής κατά τη διάρκεια της αρχαιότητας. Στο επίκεντρο των ενδιαφερόντων του τομέα είναι η ανάπτυξη των θεωρητικών και μεθοδολογικών εργαλείων που είναι απαραίτητα για τη μελέτη των αρχαίων κοινωνιών και πολιτισμών με σύγχρονο και διεπιστημονικό τρόπο. Σε αυτό το πλαίσιο, ανάμεσα στις πρόσφατες δραστηριότητες του τομέα είναι η διοργάνωση ενός εργαστηρίου για τις θεωρίες των κοινωνικών δικτύων και την εφαρμογή τους στη μελέτη της αρχαιότητας και η διοργάνωση ενός διεθνούς συνεδρίου με θέμα τις διάφορες όψεις της ιστορικής αλλαγής στην αρχαιότητα.

Το 2019, ο τομέας διοργάνωσε το πρώτο θερινό σχολείο για την ιστορία, την αρχαιολογία και τον πολιτισμό της αρχαίας Κρήτης με τίτλο «The Lost World of Ancient Crete». Στο θερινό σχολείο δίδαξαν ιστορικοί, αρχαιολόγοι και φιλόλογοι από διάφορα ιδρύματα της Ελλάδας και του εξωτερικού και συμμετείχαν προπτυχιακοί και μεταπτυχιακοί φοιτητές από την Κίνα, την Βρετανία, τις ΗΠΑ και την Ελλάδα. Η διοργάνωση του θερινού σχολείου για την αρχαία Κρήτη σε ετήσια βάση αποτελεί μια από τις βασικές εκπαιδευτικές δραστηριότητες του τομέα.

Ο τομέας ασχολείται επίσης με την αρχαία ελληνική, βυζαντινή και νεότερης λογοτεχνίας, μέχρι στιγμής στο ΙΜΣ έχουν τρέξει ερευνητικά προγράμματα στον τομέα της νεότερης λογοτεχνίας. Ειδικότερα, οι ερευνητικές ομάδες έχουν ασχοληθεί με την κάλυψη βασικών κενών υποδομής στην έρευνα της νεότερης ελληνικής λογοτεχνίας (19ος και 20ος αιώνας), με τον εντοπισμό, την αναπαραγωγή και την αρχειοθέτηση πρωτογενούς υλικού. Η ενίσχυση της τεκμηρίωσης σε αυτές τις θεματικές επιτρέπει τον προσανατολισμό της επιστημονικής φιλολογικής έρευνας προς σημαντικά πεδία τα οποία μέχρι σήμερα δεν κίνησαν το ενδιαφέρον στο βαθμό που θα έπρεπε. Απώτερος στόχος είναι τα πορίσματα των προγραμμάτων που έχουν ολοκληρωθεί ή βρίσκονται σε εξέλιξη, να αποτελέσουν τη βάση για γόνιμες συγκρίσεις της ελληνικής λογοτεχνικής παραγωγής με εκείνη άλλων ευρωπαϊκών και μεσογειακών λαών. Ο τομέας έχει διεξάγει σεμινάρια και ημερίδες για εκπαίδευση φοιτητών καθώς και του ευρύτερου κοινού. 

Στα μελλοντικά σχέδια του ΙΜΣ είναι να προσελκύσει προγράμματα στον τομέα του αρχαίου ελληνικού και βυζαντινού πολιτισμού, καθώς και να διευρύνει τη μελέτη των πολιτισμών της Μεσογείου, περιλαμβάνοντας και άλλες επιστήμες, όπως για παράδειγμα την Αιγυπτιολογία. Στόχος είναι να δημιουργηθούν οι προϋποθέσεις, ώστε να μελετηθεί ο πολιτισμός της Μεσογείου στη διαχρονία του, από την αρχαιότητα έως σήμερα. Προς αυτήν την κατεύθυνση, το ΙΜΣ επιδιώκει να προσελκύσει ερευνητές οι οποίοι, μέσω ερευνητικών προγραμμάτων, θα συμβάλουν στη μελέτη των πολιτισμών της Μεσογείου είτε αυτόνομα είτε με συγκριτική προσέγγιση, και να αναπτυχθούν συνεργασίες με αντίστοιχα κέντρα της Ελλάδας και του εξωτερικού.