Στόχος του έργου είναι η συμβολή στην καλύτερη κατανόηση του αστικού φαινομένου στα Βαλκάνια και την Ανατολική Μεσόγειο κατά τη νεότερη και σύγχρονη εποχή χάρις στην συγκριτική προσέγγιση των φαινομένων που επιτρέπει να υπερβούμε τους περιορισμούς του συνήθους εθνικού πλαισίου της ιστοριογραφίας.
Βασικός στόχος του προγράμματος είναι η συστηματική απογραφή όλων των νεοελληνικών ποιημάτων, εκδεδομένων ή και ανέκδοτων, επώνυμων ή ανώνυμων, που γράφτηκαν ή εκδόθηκαν κατά το παραπάνω διάστημα (τα δημοτικά τραγούδια δεν συμπεριλαμβάνονται) και η ταξινόμησή-τους σε έντυπη μορφή και σε ηλεκτρονική βάση δεδομένων κατά συγγραφέα και συλλογή, κατά τίτλο και κατά πρώτο στίχο
Στόχος του έργου είναι η δημιουργία μιας γεωγραφικής και θεματικής μονάδας τεκμηρίωσης για την Κρήτη, καθώς και η ψηφιακή ανάπτυξη της πρωτότυπης συλλογής πολιτισμικών πληροφοριών του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών.
Σκοπός του προγράμματος είναι η έρευνα, μελέτη και χαρτογράφηση ενός εντελώς ανερεύνητου ποιητικού είδους της ελληνικής ρομαντικής περιόδου (1821-1880), της ρομαντικής μπαλλάντας. Η έρευνα των αυτοτελώς εκδεδομένων βιβλίων και των περιοδικών της περιόδου 1821-1882 θα επιτρέψει την ανεύρεση και την καταγραφή υπό μορφή καταλόγου όλων των ποιημάτων που θα μπορούσαν να χαρακτηριστούν μπαλλάντες, καθώς και μια πρώτη συνοπτική περιγραφή της πορείας της ελληνικής μπαλλαντογραφίας πριν από τον Γεώργιο Βιζυηνό.
Στόχος του προγράμματος είναι η μελέτη και χαρτογράφηση μιας ελάχιστα ερευνημένης περιοχής της ελληνικής ποίησης του 19ου αιώνα, των ποιητικών κειμένων που παρουσιάστηκαν ως αναβίωση των αρχαίων μέτρων. Με την έρευνα καταρχήν των αυτοτελώς εκδεδομένων βιβλίων και πιθανόν στη συνέχεια των περιοδικών της περιόδου από το 1821 μέχρι το τέλος του 19ου αιώνα θα ανευρεθούν, θα καταγραφούν σε ηλεκτρονική βάση και θα ψηφιοποιηθούν σε ηλεκτρονικό αρχείο όλα τα ποιήματα που θα μπορούσαν να θεωρηθούν ότι εμπίπτουν στην κατηγορία της αναβίωσης των αρχαίων μέτρων.
Στόχος του προγράμματος ήταν η δημιουργία Bιβλιογραφικού Oδηγού των ποιημάτων του Γιώργου Σεφέρη.
Αντικείμενο του προγράμματος είναι η μελέτη της τέχνης στην Κρήτη κατά την εποχή της βενετικής κυριαρχίας (13ος-17ος αιώνας).
Στόχος του προγράμματος ήταν η χαρτογράφηση της ελληνικής μυθοπλασιακής πεζογραφίας (μυθιστορήματα και διηγήματα) της περιόδου 1830-1880.
Το πρόγραμμα, σε συνεργασία με τα Γ.Α.Κ. (Αρχεία Νομού Κυκλάδων), απέβλεψε κυρίως στη δημιουργία μιας υποδειγματικής βάσης δεδομένων για την Ερμούπολη της Σύρου (19ος-20ός αιώνας), με βασικότερες πηγές το δημοτολόγιο, τις απογραφές πληθυσμού, τις ληξιαρχικές πράξεις, τα συμβολαιογραφικά και δικαστικά αρχεία, τα πρακτικά του δημοτικού συμβουλίου, τα αρχεία των εκπαιδευτικών και φιλανθρωπικών ιδρυμάτων, και λοιπές μαρτυρίες που αποτελούν σειρά.
Το ζήτημα που απασχολεί το πρόγραμμα για τη μελέτη των χριστιανικών κοινοτήτων της Καππαδοκία είναι η ιστορική εξέλιξη αυτών των κοινωνιών από τα μέσα του 18ου αιώνα
Kύρια προϊόντα του προγράμματος είναι το Aρχείο Nεοελληνικής Mετρικής, το οποίο σήμερα απόκειται στο Ι.Μ.Σ. και βρίσκεται στη διάθεση κάθε ενδιαφερόμενου ερευνητή, και η Bιβλιογραφία Nεοελληνικής Mετρικής (2000). Το Aρχείο περιλαμβάνει ταξινομημένα τα λήμματα της βιβλιογραφίας σε φωτοτυπική ή έντυπη μορφή.
Αντικείμενο του προγράμματος, του οποίου φιλοδοξία είναι η δημιουργία στην Κρήτη ενός κέντρου μελέτης της ιστορίας της αρχαιολογίας, αποτελεί η διερεύνηση της άμεσης ή έμμεσης επίδρασης πολιτικών σκοπιμοτήτων στην πορεία εξέλιξης της αρχαιολογικής επιστήμης στην Ελλάδα.
Στόχοι του ερευνητικού προγράμματος ήταν η έρευνα της συμβολής του Κοραή στην αποκατάσταση των κειμένων των αρχαίων Ελλήνων συγγραφέων, με βάση κυρίως τις κριτικές και διορθωτικές του παρατηρήσεις που περιλαμβάνονται σε ανέκδοτα χειρόγραφα του ή έχουν εισαχθεί στα περιθώρια βιβλίων της προσωπικής του βιβλιοθήκης, τα οποία σώζονται στη Βιβλιοθήκη «Κοραής» της Χίου καθώς και η αξιολόγηση της όλης φιλολογικής δραστηριότητας του Κοραή και η ένταξή της στο πλαίσιο της ευρωπαϊκής φιλολογικής λογιοσύνης της εποχής του.
Το πρόγραμμα αυτό αποτελεί συνεργασία μεταξύ της Ελλάδας (Εδαφολογικό Ινστιτούτο Αθηνών / SSIA-NAGREF, του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών / IMS-FORTH και του Πολυτεχνείου Κρήτης / TUC), Ισπανίας (Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura, Consejo Superior de Investigaciones Científicas / CEBAS-CSIC) και Ιταλίας (Regional Centre for Agricultural Experimentation and Assistance / CERSAA) και στοχεύει στην ανάπτυξη και διάδοση καινοτόμων, περιβαλλοντικά φιλικών και χαμηλού κόστους τεχνολογιών για την προστασία του εδάφους και των υδατικών πόρων από μόλυνση που προέρχεται από απόβλητα επεξεργασίας ελαιόλαδου, την δημιουργία ενός πληροφοριακού συστήματος και βάσης δεδομένων με στόχο την πληροφόρηση για τις περιβαλλοντικές επιπτώσεις της μόλυνσης της επεξεργασίας ελαιόλαδου στην Μεσόγειο, την διευκόλυνση μιας εφαρμογής εδαφολογικής θεματικής στρατηγικής στις περιοχές που βρίσκονται πλησίον εγκαταστάσεων επεξεργασίας ελαιόλαδου, τον σχεδιασμό, την εφαρμογή και την υποστήριξη ενός συστήματος ελέγχου των εδαφών και της ποιότητας νερού που επηρεάζονται άμεσα ή έμμεσα από την δραστηριότητα εγκαταστάσεων επεξεργασίας ελαιόλαδου καθώς και τον προσδιορισμό των πιθανών ασφαλέστερων χρήσεων στο γεωργικό τομέα των αποβλήτων της επεξεργασίας ελαιόλαδου.
Στα πλαίσια του προγράμματος αυτού το Εργαστήριο ανέλαβε το σχεδιασμό και την ανάπτυξη ενός δυναμικού ιστοτόπου για το ορειβατικό μονοπάτι Ε4 του νομού Ρεθύμνου με τη χρήση πολυμέσων, βάσεων δεδομένων και Γεωγραφικών Συστήματων Πληροφοριών (GIS).
Το πρόγραμμα αφορά σε γεωφυσικές διασκοπήσεις που πραγματοποιούνται στον αρχαιολογικό χώρο της Σικυώνας.
Στόχοι του ερευνητικού προγράμματος αποτέλεσαν η συγκέντρωση και η μελέτη των πληροφοριών που αφορούν την αρχαία ελληνική, τη Βυζαντινή εκκλησιαστική και τη νεότερη δημοτική μουσική.
Η μακρά ιστορία της διαχείρισης υδάτινων πόρων στο νησί της Κρήτης, στην καρδιά της ανατολικής Μεσογείου, έχει να επιδείξει σημαντικά επιτεύγματα στον σχεδιασμό και την κατασκευή ποικίλων έργων (υδροληπτικών και υδρομαστευτικών, έργων μεταφοράς και διανομής νερού κ.ά.) με τα οποία οι διάφοροι πολιτισμοί που αναπτύχθηκαν στο νησί αντιμετώπισαν τις ποικίλες ανάγκες ύδρευσης σε μεταβαλλόμενες κλιματικές συνθήκες.
Το έργο αποσκοπούσε στην δημιουργία εφαρμογών Γεωγραφικών Πληροφοριακών Συστημάτων που διαχειρίζονται ψηφιακά γεωγραφικά δεδομένα που καλύπτουν την ευρύτερη περιοχή του Δήμου Ρεθύμνης. Μέσω του έργου δημιουργήθηκαν διαδικτυακές υπηρεσίες για την προσφορά υπηρεσιών από τον Δήμο προς τους πολίτες.