Στο ΙΜΣ λειτουργεί βιβλιοθήκη εξειδικευμένη σε δύο κυρίως τομείς. Ο ένας αφορά τη δημιουργία βιβλιοθήκης αφιερωμένης στο έργο του Θεοτοκόπουλου, την ιταλική (κυρίως βενετσιάνικη και ρωμαϊκή) ζωγραφική του 16ου και την ισπανική του 16ου-20ού αιώνα. Η βιβλιοθήκη είναι ήδη εμπλουτισμένη με μοναδικά, για την Ελλάδα, περιοδικά που αγοράσθηκαν με χρηματοδότηση του Ιδρύματος Αναστασίου Γ. Λεβέντη, την Εταιρεία 3Ε και από δωρεές του Υπουργείου Πολιτισμού της Ισπανίας όπως και του Zentralinstitut του Μονάχου.

Επίσης στη βιβλιοθήκη υπάρχουν, από δωρεές και αγορές, σημαντικές μονογραφίες για τον Θεοτοκόπουλο καθώς και κατάλογοι των μεγαλύτερων εκθέσεων που οργανώθηκαν στην Ελλάδα και το εξωτερικό.

Στο Κέντρο Δομήνικος Θεοτοκόπουλος απασχολούνται τέσσερις υπότροφοι φοιτητές που παρακολουθούν το μεταπτυχιακό πρόγραμμα "Ιστορίας της Ευρωπαϊκής Τέχνης" στο Πανεπιστήμιο Κρήτης, Τμήμα Ιστορίας-Αρχαιολογίας, Τομέας Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης. Όλοι οι μεταπτυχιακοί φοιτητές έχουν τη δυνατότητα να χρησιμοποιήσουν την βιβλιοθήκη και τη φωτοθήκη μέσα στα πλαίσια του προγράμματος για την εκπόνηση σεμιναριακών και διπλωματικών εργασιών. Στο ΚΔΘ έχουν απασχοληθεί ως υπότροφοι οι παρακάτω μεταπτυχιακοί φοιτητές του προγράμματος "Ιστορία της Ευρωπαϊκής Τέχνης":

• Βλάχου Νάντια
• Γεωργακά Βάλη
• Δαλεζίου Μαρίζα
• Κλάγκα Νότη
• Μαυρογένη Μαρία
• Παναγιωτάκης Στέλιος
• Σαρρή Δήμητρα
• Σαρρηγιάννη Θωμαή
• Σταύρου Δήμητρα
• Φιλιοτάκη Πένυ
• Φριαγκιαδάκη Γωγώ
• Καρτεράκης Μανόλης
• Τενεκετζής Αλέξανδρος

Σήμερα συνεχίζουν να απασχολούνται ως υπότροφοι οι:

• Σουγιουλτζή Κατερίνα
• Πεγιούδης Νίκος
• Σφακιανάκη Πόπη
• Στεφανίδη Ασπασία

Στο ΚΔΘ έχει δημιουργηθεί φωτοθήκη για τη μελέτη του έργου του Θεοτοκόπουλου καθώς και της τέχνης στην Κρήτη και στην Ιταλία κατά τον 16ο - 20ο αιώνα και στην Ισπανία κατά τον 16ο - 20ο αιώνα.

Η φωτοθήκη εμπλουτίστηκε τα τελευταία χρόνια με την ψηφιοποίηση των περισσοτέρων έργων του καλλιτέχνη και με δωρεές διαφανειών από το Kunsthaus της Ζυρίχης και από τη National Gallery του Λονδίνου.

• Τράπεζα δεδομένων για τη μελέτη και την κατάταξη του έργου του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (α. αυθεντικά έργα, β. έργα εργαστηρίου, γ. έργα που αποδίδονται σ' αυτόν). Εδώ έχουν συγκεντρωθεί και παρουσιάζονται οι απόψεις των 8 πιο σημαντικών μελετητών του έργου του Έλληνα ζωγράφου (Μ. Β. COSSIO, A. L. MAYER, M. LEGENDRE, H. E. WETHEY, T. FRATI, CAMON AZNAR (ed. 1970), J. GUDIOL, J. M. PITA) όπως τις βρίσκουμε στις σχετικές μονογραφίες τους.
• Αρχείο με άρθρα αναφορικά με τον Δ. Θ.
• Αρχείο τύπου για το κέντρο
• Αρχείο τύπου για την έκθεση Ο Μέγας Αλέξανδρος στην Ευρωπαϊκή Τέχνη

Στις 13 Σεπτεμβρίου του 1990, αμέσως μετά την λήξη του διεθνούς συνεδρίου El Greco of Crete, που είχε οργανωθεί στο Ηράκλειο παράλληλα με την έκθεση των έργων του καλλιτέχνη, το Επιστημονικό Συμβούλιο του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών ενέκρινε την πρόταση που είχε υποβληθεί για την ίδρυση του ΚΕΝΤΡΟΥ ΔΟΜΗΝΙΚΟΣ ΘΕΟΤΟΚΟΠΟΥΛΟΣ (ΚΔΘ). Στόχος του ΚΔΘ, που δεν έχει καμία θεσμική-διοικητική αυτονομία στο πλαίσιο του ΙΜΣ, είναι η μελέτη και η προβολή του έργου του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου, της τέχνης στην Κρήτη και στην Ιταλία κατά τον 16ο αιώνα, όπως και της τέχνης στην Ισπανία κατά τους τελευταίους πέντε αιώνες. Την σπονδυλική στήλη του Κέντρου αποτελούν η ειδικευμένη βιβλιοθήκη και φωτοθήκη του, που συνεχώς εμπλουτίζονται με νέο υλικό. Ήδη δωρεές ελληνικών ιδρυμάτων και επιχειρήσεων, άλλα και ιδιωτών έχουν επιτρέψει την αγορά ορισμένων από τα σημαντικότερα ισπανικά περιοδικά σε πλήρες σειρές (Archivo Espanol de Arte y Arquelogia, Arte Espanol, Boletin de la Sociedad Espanola de Excursiones, Reales Sitios), ενώ το Ισπανικό Υπουργείο Πολιτισμού εδώρησε τα διαθέσιμα τεύχη του περιοδικού Goya. Με αφορμή τα δεκάχρονα του ΙΤΕ το ΚΔΘ έφερε από την Αμερική τον πίνακα του Greco, Ο Άγιος Πέτρος, ο οποίος μετά την έκθεσή του στο Ηράκλειο και στην Αθήνα αγοράστηκε από την Εθνική Πινακοθήκη. Το ΚΔΘ οργανώνει κάθε 4-5 χρόνια ένα διεθνές επιστημονικό συνέδριο αφιερωμένο στο έργο του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου.

Συνέπεια των προβληματισμών που δημιούργησε σε προηγούμενες φάσεις η ερευνητική εργασία γύρω από το πρόγραμμα «Ο Γκρέκο στην Ιταλία» και η ολοκλήρωσή του, ήταν η οργάνωση το 1995 σε συνεργασία με την Εθνική Πινακοθήκη, της έκθεσης «Ο Θεοτοκόπουλος στην Ιταλία και η ιταλική τέχνη» και του ομώνυμου διεθνούς συνεδρίου στο Ρέθυμνο, στο οποίο μίλησαν 34 ειδικοί από την Ελλάδα και την Ευρώπη, την Αμερική και την Ιαπωνία. Στην έκθεση και στο συνέδριο αναφέρθηκαν εφημερίδες και περιοδικά στην Ελλάδα και το εξωτερικό.

Αντικείμενο της έρευνας είναι η μελέτη των έργων που φιλοτεχνήθηκαν από τον Θεοτοκόπουλο, η μελέτη της τέχνης στην Κρήτη και στην Ιταλία κατά τον 16ο αιώνα, όπως και της τέχνης στην Ισπανία κατά τους τελευταίους πέντε αιώνες.

Επιστημονικός Υπεύθυνος 
Νίκος Χατζηνικολάου (Kαθηγητής Ιστορίας της Τέχνης της Δύσης, Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης)

Ερευνητική Ομάδα
Μεταπτυχιακοί φοιτητές, ΠΜΣ στην Ιστορία της Τέχνης, Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης:

• Βλάχου Νάντια
• Γεωργακά Βάλη
• Δαλεζίου Μαρίζα
• Κλάγκα Νότη
• Μαυρογένη Μαρία
• Παναγιωτάκης Στέλιος
• Σαρρή Δήμητρα
• Σαρρηγιάννη Θωμαή
• Σταύρου Δήμητρα
• Φιλιοτάκη Πένυ
• Φριαγκιαδάκη Γωγώ
• Καρτεράκης Μανόλης
• Τενεκετζής Αλέξανδρος
• Σουγιουλτζή Κατερίνα
• Πεγιούδης Νίκος
• Σφακιανάκη Πόπη
• Στεφανίδη Ασπασία
• Σαπουτζή Ελένη

Δημοσιεύσεις

Άρθρα

• Nicos Hadjinicolaou, "Μεταμορφώσεις του Γκρέκο ανάμεσα στο 1838 και στο 1912", O Πολίτης, November 1987, pp. 62-69. Reprinted in Δελτίο Εταιρείας Σπουδών Νεοελληνικού Πολιτισμού και Γενικής Παιδείας, 10, 1988, pp. 93-103.
• Nicos Hadjinicolaou, "Domenicos Theotocopoulos 450 years later", essay in the exhibition catalogue El Greco of Crete, Iraklion, Crete, 1990, p. 56-111.
• Nicos Hadjinicolaou, "Inequalities in the Work of El Greco and the Problem of their Interpretation", in Ariadni, 6, 1993, pp. 175-212.
• Nicos Hadjinicolaou, "Οι «βυζαντινές αναμνήσεις» στο έργο του Γκρέκο", in Ariadni, 7, 1994, pp. 109-149.
• Nicos Hadjinicolaou, "O Άγιος Πέτρος του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου", catalogue of the exhibition of the painting at the National Gallery of Athens, Athens, 1994.
• Nicos Hadjinicolaou, "Une vision mystique du Greco : Barres et le secret de Tolede", in El Greco of Crete - Proceedings of the International Symposium, Iraklion, 1995, pp. 587-611.
• Nicos Hadjinicolaou, "El Greco in Italy", essay in the exhibition catalogue El Greco in Italy and Italian Art, Athens, 1995, pp. 57-72.
• Nicos Hadjinicolaou, Entries for the exhibition catalogue El Greco in Italy and Italian Art : The Resurrection by Paolo Veronese, The Adoration of the Shepherds, Saint Francis receiving the Stigmata, Christ in the House of Martha and Mary, Boy Lighting a Candle, Portrait of a Man, by El Greco, op. cit., pp. 228-235, 288-293, 334-341, 348-353, 354-359 and 368-373.
• Nicos Hadjinicolaou, Responsible of the 16pages special leaflet dedicated to the above exhibition by the newspaper TO BHMA (3.12.1995).
• Nicos Hadjinicolaou, "The Present State of El Greco Studies", essay published in the catalogue of the exhibition El Greco - La seva revaloracio pel Modernisme Catala/ El Greco - su revalorizacion por el Modernismo Catalan, Barcelona, Museu Nacional d΄Art de Catalunya, 20.12.1996-2.3.1997, pp. 16-23.
• Nicos Hadjinicolaou, "El deseo erotico en la obra de Goya", in VIII Jornadas de arte : La mujer en el arte espanol, Departimento de Historia del Arte "Diego Velazquez" - Centro de Estudios Historicos, Madrid, editorial Alpuerto, 1997, pp. 297-307.
• Nicos Hadjinicolaou, "The Disputes about Alexander and his Glorification in the Visual Arts", in Alexander the Great in European Art, Thessaloniki, 1997, pp. 15-24 and the entries for 40 exhibits.
• Nicos Hadjinicolaou, El Greco revestido de ideologias nacionalistas", in El Greco - Identidad y Transformacion, Madrid, 1999, pp. 57-83 and the entries for items: No 8 (San Francisco recibiendo los estigmas, Bergamo), No 9 (San Francisco recibiendo los estigmas, Naples), No 11 (La adoracion de los pastores, Frederickssund), No 13 (Vista del Monte Sinai Heraklion), No 15 (El Soplon, Naples), No 16 (El Soplon, Florida), No 21 (La Santa Faz, Madrid), No 22 (La Santa Faz, New York), No 50 (La Santa Faz, Madrid), No 80 (San Pedro, Athens).
• Nicos Hadjinicolaou, "El Greco : La Santa Faz ", published in the exhibition catalogue Classics of Modern Art, Basil and Elise Goulandris Foundation, Museum of Contemporary Art, Andros, 1999, pp. 26-33.
• Nicos Hadjinicolaou, "Introduction", in Nikolaos M. Panayotakis Τα νεανικά χρόνια του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (The Early years of El Greco), Iraklion, Crete University Press, 1999, pp. VII-XIV.
• Nicos Hadjinicolaou, "El Greco΄s Italian Period and Ellis K. Waterhouse", in El Greco in Italy and Italian Art, Proceedings of the International Symposium organised in 1995, by the Institute for Mediterranenan Studies, University of Crete,1999, pp. 71-103.
• Nicos Hadjinicolaou, "Introduction", in Fernando Marias, El Greco and the art of his time, p. VII-XXXXIV, Crete University Press, 2001.
• Nicos Hadjinicolaou, "Zwishen postbyzantinischem Griechentum und westlicher Modernitat", essay in the catalogue of the El Greco Exhibition, Kunsthistorisches Museum, Vienna, 2001, p. 59-67 (english translation in a separate edition : "Between Post-byzantine Hellenism and Western Modernity", p. 33-37).
• Nicos Hadjinicolaou, "Les ideologies conservatrices face a l΄oeuvre de Goya", in Propaganda e Poder, Lisbon, Edicoes Colibri, 2001, p. 383-419.
• Nicos Hadjinicolaou, "Le Greco defenseur de l'art byzantin",δοκίμιο στο Lezioni di Metodo- Studi in onore di Lionello Puppi, Terra Ferma, Vicenza, 2002, σελ. 381-391.
• Nicos Hadjinicolaou, "La Crucifixion del Museo del Prado", στο El Greco, Fundacion Amigos del Museo del Prado, Βαρκελώνη, Galaxia Gutenberg, 2003, σελ. 307-334.
• Nicos Hadjinicolaou, "Kunstnerens oje J.F. Willumsens analyser af El Greco", στον κατάλογο J. F. Willumsen pa sporet af el Greco, Frederikssund, J.F. Willumsen Museum, 2005, σελ. 132-143.
• Nicos Hadjinicolaou, "El Greco at the End of the 20th Century: Impressions from Reading the Exhibition Catalogue El Greco - Identity and Transformation", δοκίμιο στο El Greco: The First Twenty Years in Spain, Πρακτικά του Διεθνούς Συνεδρίου που οργανώθηκε το 1999 από το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών, Πανεπιστήμιο Κρήτης, 2005, σελ. 279-312.

Μονογραφίες-Κατάλογοι εκθέσεων και συλλογικοί τόμοι

• Nicos Hadjinicolaou, Editor of El Greco: Documents on his Life and Work, Crete University Press, Rethymnon, 1990.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of El Greco: Byzantium and Italy, Crete University Press, Rethymnon, 1990.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of El Greco: Works in Spain, Crete University Press, Rethymno, 1990.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of the exhibition catalogue El Greco of Crete, Iraklion, 1990.
• Nicos Hadjinicolaou, In Search of El Greco, exhibition catalogue of documents on his life and work, Iraklion, Crete, 1990.
• Nicos Hadjinicolaou, Meanings of an Image, Crete University Press, Rethymnon, 1994.
• Nicos Hadjinicolaou, L' opera completa del Greco, Preface, Corrections and Additions to the Greek Edition, Ed. Nicos Votsis, Athens, 1994.
• Nicos Hadjinicolaou, L' opera pittorica completa di Goya, Preface, Corrections and Additions to the Greek Edition, Ed. Nicos Votsis, Athens, 1995.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of El Greco of Crete - Proceedings of the International Symposium, Iraklion, Crete, 1-5 September 1990, Iraklion, 1995.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of the exhibition catalogue El Greco in Italy and Italian Art, Athens, 1995.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of the exhibition catalogue Alexander the Great in European Art, 2 vol. Thessaloniki, 1997.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of El Greco in Italy and Italian Art, Proceedings of the International Symposium held at Rethymno, Crete, 22-24 September 1995, University of Crete, Rethymno, 1999.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of the volume El Greco - Altarpieces in Spanish Churches, Crete University Press, Rethymno, 1999.
• Nicos Hadjinicolaou, Responsible for the Greek edition of the exhibition catalogue El Greco - Identity and Transformation, Skira, Milan, 1999.
• Nicos Hadjinicolaou, From Moliere to Goya, Crete University Press, Iraklion, 2002.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of El Greco: The First Twenty years in Spain, Proceedings of the International Symposium held at Rethymno, Crete, 22-24 October 1999, University of Crete, Rethymno, 2005.
• Nicos Hadjinicolaou, Editor of El Greco's studio, Proceedings of the International Symposium held at Rethymnon, Crete, 23 - 25 septembre 2005, Heraklion : Crete University Press, 2007

Συνέδρια

• Σεπτέμβριος 1990: Διεθνές συνέδριο El Greco of Crete, Ηράκλειο
• Σεπτέμβριος 1995: Διεθνές συνέδριο El Greco in Italy and Italian Art, Ρέθυμνο
• Σεπτέμβριος 2005: Διεθνές συνέδριο El Greco’s Studio, Ρέθυμνο

Εκθέσεις

• Δομήνικος Θεοτοκόπουλος Κρής, για τα 450 χρόνια από τη γέννηση του καλλιτέχνη, Ηράκλειο, 1 Σεπτεμβρίου - 10 Οκτωβρίου 1990
• Ο Γκρέκο στην Ιταλία και η Ιταλική Τέχνη, Εθνική Πινακοθήκη – Μουσείο Αλέξανδρου Σούτσου, Αθήνα, 18 Σεπτεμβρίου - 31 Δεκεμβρίου 1995
• Ο Μέγας Αλέξανδρος στη Ευρωπαϊκή Τέχνη, στο πλαίσιο του «Θεσσαλονίκη πολιτιστική πρωτεύουσα της Ευρώπης 1997», Τελλόγλειο Ίδρυμα Τεχνών, Θεσσαλονίκη, 22 Σεπτεμβρίου 1997 - 11 Ιανουαρίου 1998
• Δομήνικος Θεοτοκόπουλος, Ταυτότητα και Μεταμόρφωση, Museo Thyssen, Rome / Palazzo delle Esposizioni / Εθνική Πινακοθήκη – Μουσείο Αλέξανδρου Σούτσου,Μαδρίτη / Ρώμη Αθήνα, 18 Οκτωβρίου 1999 - 17 Ιανουαρίου 2000 (στην Αθήνα)
• Ο Γκρέκο και το εργαστήριο του, Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης, Αθήνα, 17 Οκτωβρίου 2007 – 15 Ιανουαρίου 2008